高尾山は「明治の森・高尾国定公園」に指定されていて、キャンプやバーベキューなどはもちろん、植物の採取や鳥などの捕獲も禁止されています。
高尾山の森林は「冷温帯」と「暖温帯」の境にあり、カシなどの常緑広葉樹、ブナ・ナラ・ホウノキなどの落葉広葉樹、そしてモミ・ツガなどの針葉樹と、多彩な樹木で形成されています。また、もともとは修験道の霊場(れいじょう)であり、お寺のある場所ということで森が守られ、薬王院の境内を中心に樹齢が700年とも1000年ともいわれるスギの巨木が何本も残っているほか、ブナも樹齢が200年を超える大木ばかり。植物もおよそ1300種もあり、高尾山特有の野草も65種に達しているなど、日本でもトップクラスの豊かな植生を誇っています。
また、大型の哺乳類はいませんが、ムササビをはじめとする28種の動物ほか、年間を通して、いろいろな野鳥を観察できます。そして、これはあまり知られていないのですが、高尾山はおよそ300種のクモがいる“日本一クモの種類が多い山”といわれています。